Parafia pw. Św. Stanisława Kostki, która później zmieniła patrona na Najśw. Serca Jezusowego, została erygowana 20 lutego 1907 roku przez biskupa płockiego Apolinarego Wnukowskiego. Zgodnie z dokumentem z 1203 roku, wieś Małkinia należała do parafii Brok. W 1987 roku z parafii Najśw. Serca Jezusowego powstała w Małkini nowa placówka duszpasterska.

W 1905 roku w Małkini wybudowano kaplicę, przy której zamieszkał na stałe duszpasterz. Obecny kościół murowany w stylu neogotyckim, pod wezwaniem Najśw. Serca Jezusowego, został wzniesiony w latach 1906–1909 staraniem ówczesnego proboszcza ks. Leona Gościckiego. Kościół został pobłogosławiony 1 sierpnia 1909 roku przez ks. prałata Aleksandra Rzewnickiego, a jego konsekracja miała miejsce 4 września 1913 roku, dokonana przez bł. arcybiskupa A.J. Nowowiejskiego.

Na terenie parafii znajduje się kościół filialny pw. NMP Częstochowskiej w Błędnicy. Kościół ten został zbudowany w latach 1990–1995 staraniem ks. proboszcza Józefa Samluka, a jego poświęcenie miało miejsce 22 czerwca 1995 roku, z rąk biskupa łomżyńskiego Juliusza Paetza.

Plebania murowana, wybudowana w 1910 roku staraniem ks. prob. Leona Gościckiego, została wpisana do rejestru zabytków.

Liczba wiernych: 3700