Parafia pw. Trójcy Przenajświętszej została erygowana w 1651 r. z fundacji Marii Ludwiki Gonzaga, żony króla Jana Kazimierza. Parafia obejmowała tereny puszczańskie starostwa łomżyńskiego i ostrołęckiego. Do 1774 r. duszpasterstwo prowadzili Jezuici, a następnie księża diecezjalni. Z terytorium par. Myszyniec powstała parafia Krysiaki (w 1995 r.) i parafia Dąbrowy (w 1999 r.).
Maria Ludwika Gonzaga, żona króla Jana Kazimierza poleciła zbu dować w Myszyńcu kapliczkę i w 1650 r. osadziła przy niej Jezuitów z kolegium łomżyńskiego, którzy w 1654 r, zbudowali klasztor. Biskup płocki Karol Ferdynand Waza, królewicz pozwolił im pełnić posługę duszpasterską. W 1698 r. zbudowali kościół drewniany pw. Trójcy Prze najświętszej, który spłonął w 1708 r. podczas najścia Szwedów. Jan Kos starosta ostrołęcki pobudował w 1716 r. nowy kościół drewniany, który służył wiernym do początku ubiegłego stulecia. Obecny kościół murowany w stylu neogotyckim pw. Trójcy Przenajświętszej i św. Marcina Biskupa zbudowany w latach 1909-1922 staraniem proboszczów ks. Franciszka Karwackiego i ks. Franciszka Kuligowskiego. Konsekrowany 19.05.1926 r. przez biskupa łomżyńskiego Romualda Jałbrzykowskiego; podniesiony do godności Bazyliki Mniejszej przez Papieża Franciszka w dniu 25.10.2013 r.
Dekretem Biskupa łomżyńskiego Stanisława Stefanka z dnia 1.04.1999 r. kościół został podniesiony do godności kościoła kolegiackiego, przy którym została erygowana Kapituła Kolegiacka Trójcy Przenajświętszej.
W kościele znajduje się figura Matki Boskiej Fatimskiej ukorono wana koronami papieskimi 12.11.2000 r przez biskupa łomżyńskiego S. Stefanka.
Na terenie parafii w miejscowości Gadomskie (Wykrot) w roku 1993 staraniem ks. Zdzisława Mikołajczyka przy pomocy finansowej ks. Romana Hoppe z Kanady wybudowano klasztor, w którym zamieszkały Mniszki Klaryski Kapucynki oraz kościół pw. Miłosierdzia Bożego. Kościół konsekrowany 11.07.1999 r. przez biskupa łomżyńskiego S. Stefanka.
Plebania murowana, wybudowana w latach 1914-1918 staraniem ks. prob. Franciszka Karwackiego..
Liczba wiernych: 7351