Parafia pw. św. Idziego została erygowana prawdopodobnie w 1378 roku przez biskupa płockiego Ścibora. W sierpniu 1975 roku z terytorium parafii św. Idziego została utworzona parafia pw. NMP Królowej Polski w Rybienku Leśnym (obecnie należąca do diecezji warszawsko-praskiej), a w 1982 roku – parafia pw. św. Wojciecha BM w Wyszkowie. Bullą "Totus Tuus Poloniae Populus” papieża Jana Pawła II z 25 marca 1992 roku parafia św. Idziego została przeniesiona z Diecezji płockiej do Diecezji łomżyńskiej.

Z terytorium parafii św. Idziego 1 grudnia 2001 roku utworzono nową parafię pw. Chrystusa Sługi z siedzibą w Leszczydole-Nowinach (wcześniej, od 29 października 2000 roku, istniał tam samodzielny rektorat). W tym samym czasie powstała również parafia pw. Świętej Rodziny w Wyszkowie, która także została wyodrębniona z parafii św. Idziego.

Historia Wyszkowa sięga XI wieku, kiedy to należał on do dóbr biskupstwa płockiego. Pierwsze wzmianki o miejscowości pochodzą z XIII wieku, a w 1230 roku istniała tu kaplica. Około 1380 roku biskup Ścibor nadał parafii dziesięciny. W 1502 roku biskup Wincenty Przerębski lokował miasto, które pozostawało w posiadaniu katedry płockiej do czasów rozbiorów. Znajdowała się tu rezydencja biskupów płockich, w której przebywał i zmarł biskup Karol Ferdynand Waza.

W 1592 roku w Wyszkowie istniał drewniany, konsekrowany kościół pw. św. Idziego (w 1609 roku drugim patronem został św. Tomasz). Posiadał on pięć ołtarzy. Świątynia spłonęła w 1656 roku podczas najazdu szwedzkiego. Odbudowano ją wkrótce potem, ale konsekracja odbyła się dopiero w 1695 roku (dokonana przez biskupa Andrzeja Chryzostoma Załuskiego). W 1704 roku, podczas wojny północnej, kościół ponownie spłonął. Nową świątynię wybudował w 1720 roku ks. Antoni Przybyłowski, proboszcz wyszkowski i prepozyt kolegiaty św. Michała w Płocku, z funduszy małżonków Niedziałkowskich. Budynek posiadał malowane wnętrze, dwie wieże na frontonie, a do nawy przylegały kaplice Matki Bożej Różańcowej i św. Anny. Kościół został konsekrowany 1 września 1739 roku przez biskupa Marcina Załuskiego.

W latach 1790-1795 wg projektu Szymna Bogumiła Zugi murowano kościół, który został konsekrowany 8 lipca 1798 roku przez biskupa Onufrego Szembeka. We wrześniu 1939 roku świątynia spłonęła wraz z miastem. Ocalała jedynie kaplica NMP, w której odprawiano nabożeństwa do końca wojny. Po wyzwoleniu kościół został odbudowany i poświęcony przez biskupa Tadeusza Zakrzewskiego.

Wyposażenie wnętrza, z wyjątkiem obrazu Matki Bożej Niepokalanej, pochodzi z lat powojennych. Należą do niego m.in. ołtarz główny z rzeźbą św. Idziego (1950) oraz pięć ołtarzy bocznych (powstałych w latach 1956–1963): Serca Jezusowego, NMP, św. Anny, św. Stanisława Kostki i św. Józefa. Polichromię w nawie głównej i w kaplicy NSJ wykonał w 1970 roku Kazimierz Drapiewski. W kaplicy Matki Bożej na sklepieniu jest zabytkowy plafon: „Adoracja Dzieciątka” z roku 1905 wyk. przez Józefa Wyszyńskiego.

Zachowała się także znaczna ilość zabytkowych sprzętów liturgicznych, w tym trzy srebrne kielichy. Jeden z nich został ufundowany przez biskupa krakowskiego Piotra Gamrata w 1539 r., który wcześniej był proboszczem wyszkowskim.

Kościół parafialny pw. św. Idziego w Wyszkowie został ustanowiony Sanktuarium św. Idziego 1 września 2014 roku przez biskupa łomżyńskiego Janusza Stepnowskiego na prośbę parafian i proboszcza ks. Zdzisława Golana.

Murowana plebania została wybudowana w latach 1978–1986 z inicjatywy proboszczów ks. Józefa Fydryszewskiego i ks. Wojciecha Borkowskiego. Stara plebania, obecnie niezamieszkana, w 2014 roku została wpisana do rejestru zabytków.

Liczba wiernych: 6620